Våren 2009 gick våra 9:or ut med 238 poäng i meritvärde i genomsnitt (betygspoäng för att gå vidare till gymnasiet). Det motsvarar nästan betyget Väl Godkänd i snitt i alla ämnen. Andelen elever med gymnasiebehörighet var mycket hög med 97%. Kunskapsskolan Nacka ligger därmed på åttonde plats i Nacka kommun med avseende på genomsnittligt meritvärde. Högst i Nacka kommun ligger vår systerskola i Saltsjöbaden med ett genomsnittligt meritvärde på 274 poäng.
Jämfört med Värmdö kommun, varifrån flera av våra elever kommer, är våra studieresultat avsevärt högre än både kommunens meritvärdessnitt, 221 poäng, och andel gymnasiebehöriga i kommunen som var 94%.
Varje år delar Kunskapsskolan ut "Kunskapspriset" till de elever i 9:an som har 16 MVG eller fler. Kunskapsskolan Nacka hade i år 7 elever med bland årets mottagare av "Kunskapspriset".